Stanisław Szczotka urodził się w rodzinie chłopskiej. Uczęszczał do gimnazjum w Żywcu, które ukończył w 1930 roku[1]. Następnie, w latach 1930-1934 studiował historię na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie[5]. Pracę magisterską pt. Początki ruchu antytrynitarskiego w Polsce w świetle akt synodalnych obronił w 1934 roku[5]. Od 1935 r. zatrudniony był w Komisji Historycznej PAU, gdzie opracowywał i udostępniał zbiory[5]. W 1936 roku uzyskał tytuł doktora filozofii. Od 1937 do wybuchu wojny pełnił funkcję asystenta w katedrze Historii Kultury[1]. W tym czasie prowadził także działalność polityczną jako członek Stronnictwa Ludowego, utrzymując kontakt z przebywającym na emigracji Wincentym Witosem i organizując strajk chłopski[6].

Jeszcze przed wybuchem wojny Stanisław Szczotka rozpoczął badania nad historią społeczno-gospodarczą XVII wieku, kierując szczególnie zainteresowanie ku rodzinnej Żywiecczyźnie. Był jednym z założycieli w 1934 roku Towarzystwa Miłośników Ziemi Żywieckiej, w ramach którego podjął inicjatywę przetłumaczenia z łaciny i wydania „Dziejopisu Żywieckiego” Andrzeja Komonieckiego; udało się wydać dwa z trzech zaplanowanych tomów (drugi tom został jednak w całości zarekwirowany i zniszczony przez Niemców w Cieszynie tuż po wybuchu wojny