Pierwszy numer "Kaczora Donalda" ukazał się 28 kwietnia 1994 roku, wtedy jako dwutygodnik. Powstał on na bazie czasopisma "Mickey Mouse", który z okazji 60-lecia postaci Kaczora Donalda zmienił swoją nazwę. Na pierwszej stronie widniał rysunek komputera (we wrześniu 1998 roku był to już nowoczesny laptop), z tekstem od redakcji zapowiadającym wnętrze komiksu. Na tej samej stronie, pod spisem treści widniały "Najkrótsze komiksy Kaczora Donalda", historyjki autorstwa Ala Taliaferro zawierające zazwyczaj cztery obrazki (teraz można je spotkać jako "Z pamiętnika Donalda" w wydaniach tomikowych). Stałymi elementami, oprócz komiksów, były jedynie "Zgadywanki i zagadki", "Figle figlarzy", "Krzyżówka" i "Zawsze śmieszne" czyli jednostronicowy komiks na przedostatniej stronie czasopisma. Inne rubryki (Mieszanka firmowa, Parada żartów, itp.) zostały stworzone później. Do numerów dołączane były głównie: kartonowe gry (w pierwszych numerach była to "Giełda Kaczogrodu"), plakaty (np. "Drzewo genealogiczne Kaczora Donalda" autorstwa Dona Rosy), naklejki, tatuaże i dodatkowe książeczki z łamigłówkami. Początkowo dwutygodnik ukazywał się w czwartki, a na przełomie 1996 i 1997 roku zaczął ukazywać się w piątki.

4 czerwca 1997 "Kaczor Donald" stał się tygodnikiem ukazującym się co środę.

W 1999 roku zmienił się typ zabawek dodawanych do pisma. Plakaty, tekturowe gry i książeczki z kawałami zostały zamienione na plastikowe zabawki, takie jak "lepkie rączki" oraz gadżety detektywów i podróżników (latarka, tusz do odcisków palców, szyfrator, mała lornetka, kompas z lusterkiem itp.). Zmieniała się również budowa pisma: "Zgadywanki i zagadki" zostały zmienione na "Łamacz głowy", zniknęła krzyżówka i komiks "Zawsze śmieszne".

W tym samym roku magazyn (w numerze 1999/10) odnotował też najwyższą sprzedaż w historii wynoszącą 289 000 sprzedanych egzemplarzy.

W 2004 roku tygodnik przeszedł metamorfozę - po raz pierwszy w historii zmieniono logo, przebudowano także wnętrze gazetki.

We wrześniu 2010 roku po raz kolejny przebudowano pismo. Odświeżona została szata graficzna, czcionka używana w komiksowych dymkach oraz wygląd poszczególnych działów.

W lipcu 2011 roku po raz drugi w historii zmieniono logo tygodnika. Przypomina ono te obowiązujące w pierwszych latach wydawania czasopisma. Zlikwidowano jednak charakterystyczną główkę Kaczora Donalda, a zastąpiono ją całym wizerunkiem Donalda, który opiera się o napis. Wtedy też pismo miało dotychczas najwyższą cenę - 6,99 zł a numer podwójny - 9,99 zł .

W kwietniu 2012 roku od nr 15 "Kaczor Donald" stał się z powrotem dwutygodnikiem[4], zaś w styczniu 2016 roku miesięcznikiem[5].

W czerwcu 2018 roku od nr 07 "Kaczor Donald" przeszedł metamorfozę. Komiks wydawany obecnie jest przedrukiem komiksów skandynawskich. Wzmocniona została również okładka oraz liczba stron zwiększyła się z 48 na 52.[6] 25 października 2019r. ukazał się 1000 numer pisma.[7] Od 2020 r. pismo ukazuje się z częstotliwością 10 numerów w ciągu roku.[1]