Przedmiotem badań i analiz ekonomiki transportu są zjawiska i procesy ekonomiczne zachodzące w tej sferze gospodarowania. Ekonomika transportu jest jedną z wielu dyscyplin działowych ekonomii i ogólna teoria ekonomii jest jej podstawą teoretyczną. Ekonomika transportu jest nauką interdyscyplinarną i najczęściej odwołuje się do dziedzin takich, jak: mikroekonomia, makroekonomia, ekonomika przedsiębiorstw (nauka o przedsiębiorstwie), ekonomika rozwoju, gospodarka przestrzenna, czy teoria dobrobytu. Przedmiotem zainteresowania ekonomiki transportu w ujęciu makroekonomicznym są relacje między transportem a jego otoczeniem, zagadnienia polityki transportowej oraz problematyka integracji polskiego transportu z systemem transportowym Unii Europejskiej. Zagadnienia o charakterze mikroekonomicznym odnoszą się do funkcjonowania przedsiębiorstw świadczących usługi transportowe oraz zachowań usługobiorców transportu.