Johannes Messner (* 16. Februar 1891 in Schwaz, Tirol; † 12. Februar 1984 in Wien) war ein österreichischer Theologe, Rechtswissenschaftler und Nationalökonom.

Johannes Messner, Bruder des Komponisten und Domkapellmeisters Joseph Messner, besuchte nach der Volksschule in Schwaz das humanistische Gymnasium Vinzentinum in Brixen, das er 1910 mit der Maturaabschloss. Anschließend absolvierte er an der dortigen Katholisch-Theologischen Hochschule ein Studium. Sein Interesse an sozialen Fragen erfuhr während der Studienzeit eine Vertiefung durch die Anregungen, die Messner vom nachmaligen Erzbischof von Salzburg, Sigismund Waitz, empfing.

Am 29. Juni 1914 wurde Messner in Brixen zum Priester geweiht, es folgten mehrere Jahre der Seelsorgstätigkeit als Kooperator in Uderns, Imst, Reutte und Innsbruck. Messner studierte dann 1919 bis 1922 Rechtswissenschaften in Innsbruck und Nationalökonomie in München (1919–1924), was er jeweils mit dem Doktorat abschloss.

Messner war ein bedeutender Berater sowohl des katholischen Episkopates als auch von führenden christlich-sozialen Politikern der Zwischenkriegszeit in Österreich. Von daher rührt auch seine kritische Begleitung des auf der Enzyklika Quadragesimo anno von Papst Pius XI. aufgebauten austrofaschistischen Staats- und Gesellschaftsexperiments der österreichischen Regierung unter Bundeskanzler Engelbert Dollfuß in den Jahren 1933 bis 1938.