Modrzewski urodził się w Wolborzu , w pobliżu Piotrkowa Trybunalskiego , syna Jakuba Modrzewskiego (1477-1529). Rodzina Modrzewskich była szlachcicem (choć niektórzy autorzy mówią o zubożałej szlachcie) i posiadała dziedziczny tytuł burmistrzaz Wolborza . Po ukończeniu Akademii Krakowskiej został wyświęcony na kapłana i podjął posługę pod kierunkiem arcybiskupa Jana Łaskiego (starszy) , a następnie pod batutą biskupa poznańskiego Jana Latalskiego . Od 1530 r. Związany był z dworem Jana Łaskiego Młodszego , Prymasem Polski i siostrzeńcem starszego Łaskiego. Mieszkając przez pewien czas w Niemczech, gdzie studiował na Uniwersytecie Luterańskim , poznał Martina Lutra i innych wczesnych protestanckich reformatorów w Wittenberdze . Zajmował się także biblioteką Erasmusa kupioną przez Łaski.