3. Pułk Saperów sformowano zarządzeniem Szefa Sztabu Generalnego WP nr 056/Org. z 2.08.1994 roku na bazie rozformowywanego właśnie 13. Ośrodka Szkolenia Specjalistów Wojsk Inżynieryjnych, termin przeformowania ustalono na 1.05.1995. Po sformowaniu jednostkę włączono w skład Korpusu Powietrzno-Zmechanizowanego. Zadania pułku były związane z jego saperską specjalnością, a więc pułk mógł prowadzić inżynieryjne rozpoznanie terenu i przeciwnika, wykonywanie prac związanych z budową fortyfikacji, stanowisk dowodzenia, rubieży obronnych, minowanie terenu oraz prowadzenie rozminowania terenów, maskowania. Dodatkowo w czasie pokoju pułk realizował zadania na korzyść społeczności lokalnych, związane z pomocą w usuwaniu skutków klęsk żywiołowych, rozminowania terenu. W roku 1997 pułk brał udział w pomocy dla powodzian, gdzie wystawił 6 transporterów pływających PTS oraz 120 żołnierzy, następnie w etapie usuwania skutków powodzi pułk wystawił jeszcze maszyny do prac ziemnych, gdzie żołnierze naprawiali brzegi rzek, usuwali połamane drzewa itp. Dodatkowo przez cały okres istnienia pułku zadania wykonywał patrol rozminowania, który co roku niszczył duże ilości powojennych niewypałów. W zakresie współpracy ze społeczeństwem pułk był również aktywny, organizowano wiele imprez okolicznościowych, a jednym z większych przedsięwzięć pułku było wybudowanie przez żołnierzy batalionu maszyn inżynieryjnych kopca J.H. Dąbrowskiego w miejscowości Pierzchów koło Gdowa. Po 6 latach istnienia zapadła decyzja o likwidacji jednostki, dokumentami które rozpoczęły proces rozformowania 3.psap były: rozkaz Szefa Sztabu Generalnego WP nr 082/Org./P5 z 9 marca 2001 roku, następnie rozkaz Dowódcy Wojsk Lądowych nr 064/Org. z 3 kwietnia 2001 roku, następnie rozkaz Dowódcy Śląskiego Okręgu Wojskowego nr Pf-16/Org. z 19 kwietnia 2001 r. i ostatecznie rozkaz Dowódcy Korpusu Powietrzno-Zmechanizowanego nr Z-64 z 23 maja 2001 r. Do innych jednostek przekazano sprzęt i kadrę, patrol rozminowania 3.psap przekazano w struktury 21.BSP, jednostka została oficjalnie rozformowana z dniem 31 grudnia 2001.