Jednostka powstała w roku 1994 na bazie rozformowanych 9. Wojskowych Warsztatów Remontowych i 26. Garnizonowej Stacji Obsługi Pojazdów. Początkowo do zadań warsztatów należał remont i obsługa transporterów opancerzonych SKOT oraz BRDM, dodatkowo wykonywano także obsługę i remonty autobusów. W ramach 21. RWT powstał także Ośrodek Szkolenia Kierowców kat. C na potrzeby Krakowskiego Okręgu Wojskowego, ośrodek ten ostatecznie istniał do roku 2001, w którym został rozformowany na wskutek reorganizacji w Wojsku Polskim. W roku 2005 jednostka prowadziła modernizację samochodów HMMVW dostosowującą je do poruszania się po drogach wg polskich norm. 21. RWT były jednostką logistyczną realizującą zadania zarówno szkoleniowe jak i obsługowo-remontowe dla potrzeb Śląskiego Okręgu Wojskowego. Specjalizowały się w obsłudze i remontach bojowych wozów piechoty BWP-1, transporterów BRDM-2 oraz ciężarówek Star-66. W swojej strukturze posiadały również sekcje naprawiające sprzęt łączności, uzbrojenia i inne. W roku 2011 warsztaty przekazano w podległość pod komendanta 3. Regionalnej Bazy Logistycznej, jednak to nie był koniec zmian, przełożeni zadecydowali że 21. RWT zostaną rozformowane, a na ich bazie sformowane zostały Warsztaty Techniczne w Rzeszowie będące elementem struktury 3. RBLog. Termin rozformowania 21. RWT ustalono na 31 grudnia 2011 roku.