Franciszek Salezy urodził się w Château de Thorens (Księstwo Sabaudii-Piemontu, obecnie gmina Thorens-Glières we Francji) w rodzinie szlacheckiej. Jego rodzicami byli François de Boisy (lord Boisy, Sales i Novel) i Françoise de Sionnz. Był pierwszy z dwanaściorga dzieci, rodzice chcieli, żeby zrobił świetną karierę i zapewnili mu najlepszą edukację. Uczył się w La Roche i Annecy. Wychowaniem zajęli się jezuici.W 1583 w wieku 16 lat zaczął się uczyć w Collège de Clermont (później przemianowany na Lycée Louis-le-Grand) w Paryżu. Rok później, po dyskusji na temat predestynacji, kiedy uznał, że pójdzie do piekła, doświadczył osobistego kryzysu. Jego rozpacz była tak duża, że był fizycznie chory i nawet przykuty do łóżka. Trwało to cały grudzień 1586. W styczniu z olbrzymim trudem odwiedził nieistniejący już kościół Saint-Etienne des Grès (św. Stefana), gdzie modlił się przed obrazem NMP. Tam jego kryzys się zakończył i wtedy zdecydował poświęcić swe życie Bogu i złożyć śluby czystości. Został tercjarzem minimitów. Franciszek doszedł do wniosku, że niezależnie od tego, co otrzyma od Boga, będzie to dobre, bo Bóg jest Miłością. To wierne zawierzenie Bogu jego miłości nie tylko oddaliło jego wątpliwości, ale również wpłynęło na resztę jego życia i na jego nauki. Jego sposób nauczania jest często określany w duchowości katolickiej jako „Filotea”, czyli droga do życia pobożnego.