Stanisław Pigoń pochodził z ubogiej rodziny chłopskiej[1]. Był synem Jana. Jego droga do profesury była długa i pełna przeszkód; rodzina nie ułatwiała mu drogi do poszerzania wiedzy. Urodził się na wsi, więc jego głównym zajęciem miała być praca na roli i pomoc rodzicom w prowadzeniu gospodarstwa domowego. Stanisław wolał jednak czytać książki, niż chodzić za pługiem. Rodzina niechętnie odnosiła się do jego decyzji o wyjeździe na studia (głównym problemem były zbyt skromne finanse). Doszło już nawet do tego, że Stanisław zaniechał myśli o studiach. Ostatecznie, po skończeniu jasielskiego gimnazjum, jednak udało mu się wyjechać do Krakowa i rozpocząć studia[2]. W latach 1906–1912 studiował filologię polską na Uniwersytecie Jagiellońskim. Nie powrócił już na stałe w rodzinne strony.
W czasie I wojny światowej służył jako oficer w armii austro-węgierskiej[3] – w 2 pułku artylerii fortecznej; brał udział m.in. w zdobywaniu belgijskiej twierdzy Namur. Od listopada 1918 służył w Wojsku Polskim, walczył w wojnie polsko-ukraińskiej i wojnie polsko-radzieckiej. Od marca do czerwca 1919 był dowódcą pociągu pancernego nr 4 „Hallerczyk”[3]. Między sierpniem 1919 a sierpniem 1920 zwolniony ze służby wojskowej jako wykładowca. W związku z zagrożeniem ofensywą radziecką od sierpnia do października 1920 dowodził pociągiem pancernym nr 20 „Bartosz Głowacki”[3]. 18 stycznia 1921 został przeniesiony z batalionu zapasowego 1 pułku wojsk kolejowych do pociągu pancernego „Bartosz Głowacki” na stanowisko dowódcy[4].
Po zakończeniu działań wojennych został zweryfikowany w stopniu kapitana ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 roku w korpusie oficerów rezerwy artylerii. W 1923 roku posiadał przydział mobilizacyjny do 23 pułku artylerii polowej w Będzinie[5]. W 1934 roku pozostawał na ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Kraków Miasto z przydziałem mobilizacyjnym do Oficerskiej Kadry Okręgowej nr V[6]. Za swój udział w walkach otrzymał kilka odznaczeń wojskowych, między innymi honorową odznakę "Orląt" i "Gwiazdę Przemyśla" za wyzwolenie miasta[7].
Na początku II wojny światowej Pigoń wraz z grupą profesorów krakowskich został aresztowany w ramach Sonderaktion Krakau i uwięziony w niemieckim obozie koncentracyjnym Sachsenhausen. Swoje doświadczenia z pobytu w obozie ujął w szkicu Wspomnienia z obozu Sachsenhausen 1939–40. Przebywał tam do lutego 1940 roku, skąd powrócił do Krakowa w pierwszym transporcie zwolnionych profesorów. W obozie nabawił się ciężkiej choroby serca, która prześladowała go do końca życia. Już wiosną następnego roku podjął tajne nauczanie oraz działalność konspiracyjną w kręgach Stronnictwa Narodowego. Był członkiem Polskiej Akademii Nauk i Polskiej Akademii Umiejętności. Koleje swojego życia opisał w pamiętnikach Z Komborni w świat i Z przędziwa pamięci. Urywki wspomnień.
Pigoń zajmował się literaturą jako przekazem doniosłych treści poznawczych, ideowo-wychowawczych i filozoficznych oraz jej rolą w kształtowaniu polskiej świadomości narodowej. Był skrupulatnym badaczem i wydawcą tekstów ważnych dla poznania życia i twórczości wielkich pisarzy. Interesował się szczególnie okresami romantyzmu i modernizmu, a przede wszystkim postacią i dziełem Adama Mickiewicza. Badał również i wydawał utwory Aleksandra Fredry, Stefana Żeromskiego i Władysława Orkana. Pigoń był także odkrywcą twórczości samorodnych pisarzy chłopskich; zajmował się kulturą polskiej wsi.
Ponadto po odejściu Wincentego Lutosławskiego przewodził wileńskiej sekcji ruchu Eleusis.
Księgozbiór Stanisława Pigonia, liczący 9351 woluminów, został po jego śmierci zgodnie z jego wolą przekazany Wyższej Szkole Pedagogicznej w Rzeszowie. W 1982 r. utworzono Pracownię Polonistyczną Pigonianum, którą w 2004 r. przeniesiono do nowego gmachu Biblioteki Uniwersytetu Rzeszowskiego[7].
Synami Stanisława Pigonia byli chemik Krzysztof Pigoń i biolog Andrzej Pigoń.