Był najmłodszym z sześciorga dzieci Augustyna Thugutta, lekarza powiatowego w Łęczycy. W Warszawie ukończył szkołę powszechną oraz realną. Nie mogąc rozpocząć studiów w kraju, pracował jako robotnik w łódzkiej fabryce włókienniczej. Następnie podjął pracę inkasenta w zakładzie krawieckim i po wyjeździe do Warszawy został księgowym[4].Był członkiem Komisji Komisarskiej Tymczasowej Rady Stanu[5]. Był jednym z czołowych działaczy Komisji Porozumiewawczej Stronnictw Demokratycznych[6].
W 1917 roku wstąpił w szeregi PSL „Wyzwolenie”. W 1918 roku otrzymał tekę ministra spraw wewnętrznych w rządzie Ignacego Daszyńskiego, tę samą funkcję pełnił w rządzie Jędrzeja Moraczewskiego. W endecko-ziemiańskim zamachu pułkownika Januszajtisa na rząd Moraczewskiego, z 4 na 5 stycznia 1919 roku, do Stanisława Thugutta strzelano, a następnie go uwięziono[7][8]. Zamach szybko udaremniono, ale już 16 stycznia, w porozumieniu z Józefem Piłsudskim, gabinet Moraczewskiego podał się do dymisji. Po utworzeniu rządu Ignacego Paderewskiego, Thugutt został oddelegowany przez Naczelnika Państwa do składu Komitetu Narodowego Polskiego w Paryżu – członek polskiej delegacji na paryską konferencję pokojową. W czasie wojny polsko bolszewickiej zgłosił się latem 1920 roku na ochotnika w szeregi Wojska Polskiego i uczestniczył w walkach (rezygnując jednocześnie z możliwości otrzymania stopnia oficerskiego). Podczas jednej z potyczek pod Surażem odniósł ciężką ranę (postrzelony w rękę, stracił w niej władanie).[9]
W 1921 roku został prezesem PSL „Wyzwolenie”, a w 1922 roku w wyniku wyborów parlamentarnych został wybrany posłem na Sejm I kadencji. Objął funkcję przewodniczącego klubu PSL „Wyzwolenie”. Był jednym z głównych zwolenników wyboru Józefa Piłsudskiego na prezydenta RP. W 1923 roku był kandydatem na premiera, ale jego kandydatury nie poparło Polskie Stronnictwo Chrześcijańskiej Demokracji. W 1924 roku przestał być przywódcą partyjnym oraz posłem, jednak objął stanowisko ministra bez teki i wicepremiera w gabinecie Władysława Grabskiego. W tym samym roku wystąpił z PSL „Wyzwolenie”, ponieważ nie zezwoliło mu ono na zostanie szefem MSZ. W latach 1925–1926 należał do Partii Pracy, a w 1928 roku powrócił do PSL „Wyzwolenie”. Był współtwórcą Centrolewu i przeciwnikiem sanacji. Od 1931 roku należał do Stronnictwa Ludowego, gdzie w latach 1931–1935 był członkiem rady naczelnej, a od 1936 do 1938 roku prezesem RN. W okresie 1932–1939 kierował Towarzystwem Kooperatystów.
Po agresji III Rzeszy i ZSRR na Polskę na uchodźstwie w Szwecji (przebywał tam od 1940), gdzie zmarł. Spoczywa na Norra begravningsplatsen.
Został odznaczony m.in. estońskim Krzyżem Wolności I klasy.
