Sejny mają starą i bogatą tradycję w szkolnictwie. Pomijając czasy przedrozbiorowe wiemy, że za czasów rządów praskich po trzecim rozbiorze zorganizowali w Sejnach dominikanie kolegium dla okolicznej młodzieży szlacheckiej, a po zniesieniu klasztoru w roku 1804 rząd pruski przystąpił do zorganizowania gimnazjum. Za czasów Królestwa kongresowego istniało w murach podominikańskiego klasztoru Gimnazjum do roku 1839, przeniesione w tym czasie do Suwałk razem z dyrektorem Zdanowskim i całym personelem nauczycielskim. Największy ucisk, jaki przeżyło społeczeństwo polskie po upadku powstania styczniowego, zdusił również szkolnictwo polskie w Sejnach. Dopiero ukaz tolerancyjny 1905 roku otworzył widoki stworzenia polskiej placówki szkolnej.
Równocześnie jednak zaczął budzić się i oddziaływać na Sejny separatystyczny ruch litewski, zapoczątkowany przez patriotę litewskiego Bassanowicza.