Był synem pochodzącego z Nowej Zelandii Owena Mertona (anglikanina) i Amerykanki Rut Jenkins (kwakierki), ochrzczonym w kościele anglikańskim. Wychowywany w rodzinie artystów wcześnie został osierocony, a jego jedyny młodszy brat zginął jako lotnik w czasie II wojny światowej. Uczęszczał do szkół we Francji, Anglii i Stanach Zjednoczonych. W 1935 r. rozpoczął studia na Uniwersytecie Columbia w Nowym Jorku, a po ich ukończeniu został nauczycielem języka angielskiego w miejscowym City College, reporterem gazet The New York Times i New York Herald Tribune. Zainteresowanie filozofią św. Tomasza i Dunsa Szkota oraz przyjaźń z hinduskim mnichem zaowocowało przyjęciem warunkowego chrztu w Kościele katolickim (1938 r.).

W latach 1939-1941 wykładał na franciszkańskiej uczelni St. Bonaventura College, a następnie pracował w czarnym getcie Harlemu, pośród biedoty murzyńskiej. Studiowanie tekstów św. Jana od Krzyża przyniosło decyzję o wstąpieniu do klasztoru zakonu trapistów w Gethsemani (1941 r.). W roku 1949 Merton przyjął święcenia kapłańskie, następnie sprawował funkcję mistrza nowicjatu (lata 1955-1965). Zmarł 10 grudnia 1968 r. w jednym z hoteli Bangkoku, porażony prądem elektrycznym podczas kąpieli[1].