Brak należytego pomieszczenia, trwałego funduszu i zarazy nawiedzające Włocławek nie sprzyjały rozwojowi seminarium. W 1581 r. praktycznie przestało ono istnieć. W 1619 r. seminarium otrzymało własny, piętrowy budynek. Wielkim wydarzeniem dla seminarium włocławskiego było ukazanie się w 1909 r. pierwszego zeszytu czasopisma teologicznego „Ateneum Kapłańskie”, które powstało z inicjatywy ówczesnego rektora seminarium, ks. Idziego Radziszewskiego. W ostatnim roku przed wybuchem II wojny światowej w Seminarium Duchownym we Włocławku pracowało 15 księży profesorów oraz kształciło się 120 alumnów. 7 października 1939 r. Niemcy aresztowali wszystkich profesorów i 22 alumnów, którzy nie zważając na niebezpieczeństwa rozpoczęli normalne studia seminaryjne. Aresztowani byli najpierw przetrzymywani w Lądzie, a potem zostali wywiezieni do obozu koncentracyjnego w Dachau, gdzie większość z nich poniosła śmierć męczeńską. Po wojnie seminarium rozpoczęło zajęcia 4 kwietnia 1945 r. na plebanii w Lubrańcu. Jego organizacją zajął się ks. Stefan Wyszyński późniejszy prymas Polski. W maju 1945 r. przeniesiono je do Włocławka. Do 1959 nauka trwała 5 lat, a w 1960 roku przedłużono ją do 6 lat. Od 2004 r. działa w ramach Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Rok akademicki 2011/2012 był 443. w historii włocławskiego seminarium.