Miasto szczyci się blisko 2,5-tysiącletnią historią, a zalicza się ją do najstarszych miast świata. Jak większość wschodnich miast, tak i to otoczone jest mistycyzmem i powiązane z różnymi baśniowymi legendami dotyczącymi powstania. Najstarsze dowody wskazujące na istnienie miasta Marakandy pochodzą z VI wieku poprzedniej ery. Marakanda pełniła rolę perskiej stolicy. W okresie aleksandryjskim rozwinęła się tu kultura, a sprzyjał temu rozwojowi przebiegający przez miasto jedwabny szlak. Samarkanda była wówczas największym miastem Azji Środkowej. Podczas panowania arabskiego rozwinęła się tu produkcja drogocennego papieru. W czasach Czyngis-chana miasto prawie całkowicie zburzono. Odbudował je Timur czyniąc stolicą swojego państwa, po obaleniu imperium mongolskiego. Do XVI wieku miasto rozwijało się kulturalnie i gospodarczo. Po tym okresie nastąpił upadek jego znaczenia, dziś Samarkanda jest raczej miejscem turystycznych odwiedzin, o małym znaczeniu gospodarczym, ale zarazem jest to ważny ośrodek kulturalny i naukowy, mieszczący aż 6 szkół wyższych, oraz czwarte co do wielkości miasto Uzbekistanu.