Założony przez Mariana Eilego, który był redaktorem naczelnym pisma przez 24 lata. Pierwszy numer ukazał się 15 kwietnia 1945 roku. W 561 numerze wydanym 8 stycznia 1956 roku pojawiła się krzyżówka. W połowie lat 1970. tygodnik osiągał rekordowe nakłady ponad 700 tys. egzemplarzy.
Do 2002 był wydawany w Krakowie. Następnie, po zakupie tytułu przez szwajcarski koncern Edipresse Polska, siedzibę przeniesiono do Warszawy. Po przeniesieniu redakcji do Warszawy i zmianie zespołu redakcyjnego „Przekrój” zmienił swój styl, a większość stałych współpracowników zrezygnowała ze współpracy. 27 sierpnia 2009 roku wydawnictwo Edipresse poinformowało o sprzedaży tygodnika „Przekrój” Grzegorzowi Hajdarowiczowi. Od 1 lipca 2011 r. redakcja miała siedzibę ponownie w Krakowie (w części miasta Zabłocie), w Warszawie pozostawała tylko jej część. W październiku 2013 r. nowym właścicielem tygodnika „Przekrój” został fotograf Tomasz Niewiadomski. Ostatni numer „Przekroju” wydany przez Gremi Media ukazał się w poniedziałek 30 września 2013 roku.
W grudniu 2016 r. Tomasz Niewiadomski wznowił wydawanie pisma w formie kwartalnika poświęconego tematyce społecznej i kulturalnej, obejmując równocześnie stanowisko redaktora naczelnego.
Średni nakład to 52 225 egz., zaś sprzedaż wynosiła 18 749 (według danych ZKDP za maj 2012). W grudniu 2016 r. wznowiony Przekrój początkowo zaplanowano wydawać w nakładzie 50 tys. egz., jednak nakład został szybko wyczerpany, w związku z czym pod koniec grudnia zaplanowano dodruk 29,9 tys. egzemplarzy[2], a pod koniec stycznia kolejnych 60 tys. sztuk – ostatecznie sprzedaż sięgnęła 100 tys. egzemplarzy[11]. W przypadku drugiego numeru kwartalnika zdecydowano się na wydanie go w nakładzie 130 tys. egz. i w zwiększonej objętości 164 stron (zamiast 148). Nakład trzeciego numeru ustalono na poziomie 130 tys. sztuk.
Począwszy od 30 listopada 2018 r. Przekrój Sp. z o.o. weszła w skład Fundacji Przekrój, a dotychczasowy właściciel spółki i redaktor naczelny czasopisma Tomasz Niewiadomski jako fundator wszedł w skład rady fundacji, a redaktorem naczelnym została Miłada Jędrysik.
