Założony przez Mariana Eilego, który był redaktorem naczelnym pisma przez 24 lata[7]. Pierwszy numer ukazał się 15 kwietnia 1945 roku. W 561 numerze wydanym 8 stycznia 1956 roku pojawiła się krzyżówka. W połowie lat 1970. tygodnik osiągał rekordowe nakłady ponad 700 tys. egzemplarzy[8].

Do 2002 był wydawany w Krakowie. Następnie, po zakupie tytułu przez szwajcarski koncern Edipresse Polska, siedzibę przeniesiono do Warszawy. Po przeniesieniu redakcji do Warszawy i zmianie zespołu redakcyjnego „Przekrój” zmienił swój styl, a większość stałych współpracowników zrezygnowała ze współpracy. 27 sierpnia 2009 roku wydawnictwo Edipresse poinformowało o sprzedaży tygodnika „Przekrój” Grzegorzowi Hajdarowiczowi. Od 1 lipca 2011 r. redakcja miała siedzibę ponownie w Krakowie (w części miasta Zabłocie), w Warszawie pozostawała tylko jej część. W październiku 2013 r. nowym właścicielem tygodnika „Przekrój” został fotograf Tomasz Niewiadomski. Ostatni numer „Przekroju” wydany przez Gremi Media ukazał się w poniedziałek 30 września 2013 roku.