Benker studierte in München und Freising Theologie und Kunstgeschichte. 1955 wurde er mit einer Arbeit über den Weilheimer Künstler Philipp Dirr und den Anfang des Barock in Bayern promoviert. 1957 wurde er zum Priester geweiht, von 1959 bis 1965 war er Subregens. Von 1963 bis 1970 war er Lehrbeauftragter für Kunstgeschichte an der Philosophisch-Theologischen Hochschule in Freising und an der Katholischen Fakultät der Universität München. 1965 wurde er von Kardinal Döpfner in das Amt des Diözesankonservators berufen. Er war Gründer und erster Direktor des Diözesanmuseums Freising, von 1980 bis 1997 Diözesanarchivar sowie von 1959 bis 2008 Leiter der Dombibliothek Freising. Er verfasste zahlreiche Kirchenführer und Abhandlungen vornehmlich zur bayerischen Kunstgeschichte.