Pierwszy prototyp samolotu oblatano wiosnš 1941, drugi w niecały rok póŸniej. Próby wypadły pomyœlnie i zakłady otrzymały zamówienie na produkcję seryjnš, z zastrzeżeniem, że samolot ma być przystosowany zarówno do silników BMW-801, jak i rzędowych Jumo-213 i to bez jakichkolwiek zmian w konstrukcji płatowca (chodziło o uniknięcie zaburzeń w produkcji w przypadku chwilowego wstrzymania dostaw jednego z silników). W lutym 1942 rozpoczęły się dostawy do jednostek Ju-188 E-1 z silnikami BMW-801 ML o mocy 1632KM. Do końca roku wyprodukowano 283 egzemplarze tego samolotu. W styczniu 1944 produkcję podjęto w dwóch nowych wytwórniach. Pojawiła się odmiana Ju-188 A-2 z rzędowymi silnikami Jumo-213 A-1 o mocy po 1802KM, która do startu mogła być przez wtrysk metanolu zwiększana chwilowo do 2271KM. Budowano również odmianę torpedowš A-3. Wkrótce potem do produkcji weszły odmiany zwiadowcze Ju-188 D-1 i D-2 z silnikami Jumo-213 oraz odpowiadajšce im odmiany Ju-188 F-1 i F-2 z silnikami BMW-801. Kiedy program bombowca B (Ju-288) został ostatecznie skreœlony, postanowiono opracować odmianę wysokoœciowš Ju188 wyposażonš w silniki z dwubiegowymi sprężarkami. Przystšpiono do prac nad trzema odmianami: Ju-188 J (myœliwskš); Ju-188 K (bombowš) i Ju-188 L (zwiadowczš), które potem zostały przemianowane na Ju-388 J, Ju-388 K oraz Ju-388 L. Na uwagę zasługuje nocny myœliwiec Ju-388 J Störtebeker z zakrytym dziobem, uzbrojony w 4 stałe działka (2 x 30 mm, 2 x 20 mm) w owiewce pod kadłubem (strzelajšce do przodu) oraz 2 stałe działka MG-151 (20 mm) w tylnej częœci kadłuba (strzelajšce w górę do przodu). Dane techniczne (wersja Ju-388J): długoœć: 16,29m, rozpiętoœć skrzydeł: 22m, wysokoœć: 4,35m, prędkoœć maksymalna: 616km/h, prędkoœć wznoszenia: 6,3m/s, pułap maksymalny 13400m.