Stanisław Kutrzeba był synem Jana (introligatora) i Walerii z Pawlików. Uczęszczał do Gimnazjum Św. Anny w Krakowie (1886–1894), następnie podjął studia prawnicze i historyczne na Uniwersytecie Jagiellońskim (1894–1898), uwieńczone doktoratem praw (1898; uzyskanym pod kierunkiem prof. Bolesława Ulanowskiego). Uzupełniał studia w Paryżu (College de France i Ecole des Hautes Etudes, 1900–1901). Przez kilka lat prowadził prace badawcze w archiwach paryskich oraz Archiwum Watykanu; w 1902 na podstawie pracy Sądy ziemskie i grodzkie w wiekach średnich habilitował się i został docentem w Katedrze Prawa Polskiego i Jego Historii UJ. Pracował jednocześnie jako adiunkt w Archiwum Krajowym Aktów Grodzkich i Ziemskich w Krakowie (do 1908). W 1908 otrzymał nominację na profesora nadzwyczajnego i objął Katedrę Prawa Polskiego; kierował nią do końca życia, od 1912 z tytułem profesora zwyczajnego[3]. Był członkiem Komisji Sejmowo-Konstytucyjnej Tymczasowej Rady Stanu[4]. W 1917 opiniował opracowane przez Komisję Archiwalną Tymczasowej Rady Stanu projekty nowej ustawy i regulaminów archiwalnych. Jego stanowisko zostało potem wykorzystane podczas prac nad reskryptem Rady Regencyjnej o archiwach.

Pełnił funkcję członka Rady Przybocznej Miasta Krakowa (1939-). Po aresztowaniu przez nazistów w ramach tzw. Sonderaktion Krakau był więziony od listopada 1939 do lutego 1940 w Krakowie, Wrocławiu i obozie koncentracyjnym Sachsenhausen. W późniejszym okresie okupacji działał w Komitecie Trzech, pomagającym pracownikom UJ i ich rodzinom, szczególnie materialnie; brał także udział w tajnym nauczaniu uniwersyteckim.