Encyklopedia nauk filozoficznych jest dziełem zrodzonym z nurtującej Hegla, przynajmniej od początku okresu jenajskiego, idei stworzenia systemu filozoficznego. Świadectwem tego są pochodzące z tych lat szkice: Logika, Metafizyka i Filozofia przyrody z roku 1802, System moralności z tego samego roku, Filozofia realna (tzn. filozofia przyrody i filozofia ducha) w dwóch wersjach, pierwszej z lat 1803-1804 i drugiej z lat 1804-1805, a także liczne odnoszące się do tego aluzje i zapowiedzi. Opublikowana w roku 1807 Fenomenologia ducha pomyślana była jako pierwsza część Systemu nauki, a w Przedmowie do niej Hegel rozwija i uzasadnia tę swoją ideę.