W 1906 roku Skałkowski doktoryzował się na podstawie pracy „Jan Henryk Dąbrowski (1755–1818). Część 1: Na schyłku dni Rzeczypospolitej 1755–1795” (Warszawa 1904). Właściwym promotorem pracy był S. Askenazy, przebywający wtedy na kwerendach archiwalnych w Petersburgu. W zastępstwie promotorem został prof. R. M. Werner.

Był członkiem Ligi Narodowej w 1905 roku[1]. W roku 1906 Skałkowski pracował w bibliotece Uniwersytetu Lwowskiego. W latach 1907–1911 przebywał w Paryżu, głównie dzięki przyznanemu mu stypendium W. Osławskiego. Był już wówczas znany jako specjalista od dziejów Polski porozbiorowej. Świadczą o tym kontakty H. Sienkiewicza ze Skałkowskim podczas pisania przez niego powieści „Legiony” oraz S. Żeromskiego w czasie pracy nad sztuką o Józefie Sułkowskim. W roku 1913 habilitował się na Uniwersytecie Lwowskim na podstawie pracy „O kokardę Legionów” (Lwów 1912). Recenzentem habilitacji byli T. Wojciechowski i B. Dębiński. W roku 1913 Skałkowski został zastępcą Askenazego na katedrze historii nowożytnej Uniwersytetu Lwowskiego. Skałkowski prowadził wykłady do 1919 roku w zastępstwie S. Askenazego przebywającego w Petersburgu na kwerendach.

W listopadzie 1918 roku brał udział w obronie Lwowa przeciwko Ukraińcom, ale w późniejszych wspomnieniach marginalizował swój udział, a także całą obronę jako awanturę powiększoną propagandowo do rangi wielkiego wydarzenia. Za obronę w mieście szkoły kadetów otrzymał „Odznakę I Odcinka Obrony Lwowa”. 1 września 1919 roku został zwolniony z wojska.