Justus Knecht wurde als viertes von sieben Kindern des Bruchsaler Schneidermeisters Heinrich Ludwig Knecht und der Catharina geb. Schmer in Bruchsal geboren.

Der evangelisch getaufte Friedrich Justus Knecht wechselte 1855 zusammen mit seinem Vater und den damaligen noch lebenden drei Geschwistern auf Wunsch der Mutter zum katholischen Glauben über. Ab 1856 besuchte er das Rastatter Lyzeum. Nach Abitur und Studium der katholischen Theologie in Freiburg empfing er am 5. August 1862 in St. Peter die Priesterweihe für das Erzbistum Freiburg.

Als Vikar war er von 1862 bis 1864 in Durmersheim, Rastatt und Freiburg im Breisgau tätig. Ab 1863 war er gleichzeitig Repetent am Knabenseminar und Religionslehrer an der Höheren Bürgerschule in Freiburg.

Als Kuratieverweser kam er 1864 nach Emmendingen und erhielt dort 1866 eine Pfarrstelle. Von 1869 bis 1871 war Knecht Benefiziatsverweser in Gengenbach, 1871 Pfarrverweser in Seelbach und schließlich von 1871 bis 1877 Pfarrer in Reichenbach/Lahr. In diese Zeit fiel seine Berufung zum Erzbischöflichen Schulinspektor (1874) und sein Eingreifen in die Auseinandersetzungen zwischen Kirche und Staat im Kulturkampf. Unter anderem nahm er zweimal auf den Deutschen Katholikentagen gegen die Ausweitung der Staatsaufsicht Stellung. Von 1877 bis 1879 war Justus Knecht Pfarrverweser in Erlach und promovierte 1878 in Tübingen zum Doktor der Theologie. In den Jahren von 1879 bis 1882 übte er das Pfarreramt in Schuttertal aus. Im Jahr 1881 wurde Knecht zum Ehrenmitglied der KDStV Hercynia Freiburg im Breisgau ernannt, der er zeitlebens sehr verbunden war. 1882 berief ihn Erzbischof Johann Baptist Orbin in sein Domkapitel und betraute ihn mit der besonderen Verantwortung für Schule und Religionsunterricht in der Erzdiözese Freiburg. Im selben Jahr verfasste Justus Knecht den „Praktischen Kommentar zur Biblischen Geschichte“, der ein ganzes Menschenalter hindurch im deutschen Sprachgebiet in Gebrauch war. Die darin vertretene antijüdische Konzeption der Heilsgeschichte gilt heute als Negativbeispiel katholischer Lehre.