Szaflary leżą w południowej części Kotliny Nowotarskiej. Z jej zasiedleniem można też wiązać ich powstanie. Pewnych wskazówek na ten temat może dostarczyć m. in. istnienie na terenie wsi budowli obronnej. Z ustaleń dokonanych przez archeologów wynika, że tamtejszy drewniany gródek istniał już w XI wieku. Budowle te wznoszono dla ochrony granic państwa, dróg handlowo-komunikacyjnych i okolicznych mieszkańców. Z wyjątkiem obiektów wznoszonych w miejscach trudno dostępnych, (jak np. zameczek w Pieninach) powstawały przy nich dość często osady podgrodowe. Nie można wykluczyć, że już u schyłku XII wieku mogło istnieć na terenie Kotliny Nowotarskiej osadnictwo stałe, w tym domostwa w sąsiedztwie gródka szaflarskiego. Wątpliwe jednak, aby tworzyły one przygrodową osadę służebną, jak przyjmuje K. Dobrowolski. Wskazuje na to pośrednio przywilej Bolesława Wstydliwego z 1254 roku. Wymienia on kilka pól i łąk na Podhalu, wyrobionych przez człowieka. Brak wśród nich wzmianki o wyrobiskach gruntowych na terenie Szaflar. Było to jeszcze osadnictwo rzadkie. Mogło ono co najwyżej wytworzyć zalążki niektórych późniejszych wsi.