Stanisław Kłodziński urodził się w roku odzyskania niepodległości Polski w krakowskiej rodzinie herbu Łada. Przed wybuchem II wojny światowej był studentem medycyny. Uczestniczył w wojnie obronnej 1939 roku w wojskowej służbie medycznej. W czasie okupacji niemieckiej pracował w legalnych strukturach Rady Głównej Opiekuńczej – w sekcji pomocy więźniom "Patronat". Pomagał uwięzionym w więzieniu na Montelupich oraz ich rodzinom – starał się o żywność i lekarstwa. Został aresztowany w 1941 r. – po przechwyceniu przez Niemców adresowanego do niego grypsu więźnia – i uwięziony w KL Auschwitz-Birkenau. Jako więzień nr 20019 był medykiem w bloku 20. Uczestniczył w obozowym ruchu oporu, w czym pomagała znajomość języka niemieckiego. Zapewniał m.in. schronienie więźniów w bloku zakaźnym – jednym z tak chronionych był późniejszy premier PRL Józef Cyrankiewicz. Przygotowywał innym więźniom ucieczki, m.in. organizując pomoc medyczną i żywność. Pod koniec wojny (1945 r.) został przewieziony do Mauthausen-Gusen