Bataliony Chłopskie to początkowo ruch ludowy nie tworzył własnej organizacji wojskowej, kierując swoich członków do Związku Walki Zbrojnej. Jednak wzrost wpływów sanacyjnych i piłsudczykowskich wśród kadry kierowniczej ZWZ, utworzenie przez konkurencyjne stronnictwa polityczne własnych organizacji i umacnianie się w terenie Narodowej Organizacji Wojskowej oraz Gwardii Ludowej WRN, spowodował zmianę stanowiska Centralnego Kierownictwa Ruchu Ludowego w kwestii sformowania własnej organizacji wojskowej. Podjęcie przez ludowców w 1940 r. decyzji o utworzeniu odrębnej, samodzielnej organizacji wojskowej spotkało się z poparciem środowiska chłopskiego i było wyrazem emancypacyjnych dążeń polskich chłopów. Bataliony Chłopskie powstały wbrew ZWZ i zapewnić miały chłopom decydujący wpływ na charakter podziemia oraz stworzyć szansę decydowania bądź też współdecydowania o społeczno-ustrojowym kształcie przyszłego państwa.