Bardzo bogata jest spuścizna literacka Focjusza, choć wiele jego utworów zostało bezpowrotnie utraconych na przestrzeni dziejów. Najsłynniejszym dziełem jest Biblioteka, zwana też Tysiącoksięgiem (lub Dziesięciotysiącksiągiem), będąca streszczeniem przeczytanych przezeń 280 dzieł literackich. Dokładnie ksiąg jest 279, gdyż księga 14 jest wymieniana dwukrotnie. Pełny tytuł dzieła brzmi: Wykaz i spis przeczytanych przeze mnie ksiąg, o które prosił mnie mój umiłowany brat Tarazjusz po to, aby uzyskać sąd ogólny, a których było trzysta mniej dwadzieścia i jeden. Jej znaczenie jest szczególnie doniosłe, gdyż większość z omówionych utworów nie zachowała się do naszych czasów. Focjusz skompilował Harpokrationa, Epitomę Diogeniana, Glossarium do Timajosa Platona. Zachowała się znaczna część obszernej korespondencji patriarchy, w tym zbiór listów o tematyce teologiczno-filozoficznej skierowanych do biskupa Kyzikos Amfilocjusza oraz jego Homilie (w tym X, opisująca konsekrację kościoła Matki Boskiej w Faros – wyd. Znak 442 i XVII wygłoszona z okazji rekonsekracji katedry Mądrości Bożej w Konstantynopolu). Dla teologów ważny jest również traktat Focjusza o nazwie Mistagogia, będący wykładnią prawosławnej nauki o pochodzeniu Ducha Świętego i krytyką wprowadzenia przez Zachód do Credo nicejsko-konstantynopolitańskiego dodatku Filioque.