Początki wsi datuje się na 1335 rok, jako najwcześniej poświadczoną datę, pod którą w źródłach występuje villa Paczoldi – wieś Paczolda. W tym okresie wieś posiadała kościół na miejscu którego istnieje obecny z pocz. XVI w. Początkowo była własnością szlachecką, a następnie duchowną. W 1512 r. dział szlachecki wsi został skonfiskowany po tym, jak Andrzej i Stanisław z Paczółtowic nie zgłosili się na wyprawę wojenną. Dlatego też cała wieś przypadła norbertankom, które w 1512 r. skupiły tam sołectwo i założyły folwark. W 1528 r. była w posiadaniu Seweryna Bonera, później Katarzyny Tęczyńskiej-Bonerowej i jej drugiego męża Stanisława Barziego. Potem przeszła w ręce krakowskiego rajcy – pochodzącego z Austrii – Erazma Eichlera, a w 1578 r. właścicielem został Feliks Czerski. Kontrowersje pomiędzy proboszczami o przynależność parafialną wsi ciągnęły się latami, podczas wizytacji z 1598 zanotowano, że o zwierzchnictwo nad Pisarami spierali się plebani z Rudawy i Paczółtowic. Potem wieś była w posiadaniu rodziny Łaszczów, a od 1627 r. krakowskiego kupca Melchiora Gerstmana. W 1630 r. Agnieszka Tęczyńska-Firlejowa przekazała wieś klasztorowi w Czernej. Miejscowa parafia miała w swym okręgu parafialnym również wsie Dębnik – ta osada kamieniarska powstała na paczółtowickich polach, oraz Pisary. Z testamentu dębnickiego kamieniarza Adama Negowicza z 1680 r. wynika, że duży majątek podarował plebanowi paczółtowickiemu, czemu ostro sprzeciwił się przeor klasztoru w Czernej o. Kryzus. Wtargnął on do domu zmarłego, pozabierał dobytek i efekcie doszło do gorszącego wieloletniego procesu. W XVII w. we wsi stał młyn, a pokłady gliny wykorzystywali do produkcji miejscowi garncarze. W 1791 r. we wsi było 516 osób, a w 1900 ok. 850.