Projekt „Historický atlas měst České republiky,“ realizovaný v Historickém ústavu Akademie věd České republiky, v. v. i., byl zahájen v roce 1994 jako součást evropského projektu historických atlasů k srovnávacím dějinám měst, připravovaných pod záštitou Commission internationale pour l’histoire des villes. Výrazným rysem Historického atlasu měst České republiky je jeho transdisciplinární charakter. Atlas shrnuje a prezentuje dějiny měst v historických, urbanistických, hospodářských, regionálních, demografických, politických i kulturních souvislostech prostřednictvím reprodukcí starých map a plánů, rekonstrukčních map, ikonografického materiálu a textu. Pracuje s výsledky archeologie, dějin osídlení, historické geografie, studia patrocinií i ostatních oborů a pracovních postupů, to vše s využitím kartografických pramenů i rekonstrukčních map a digitální kartografie. Otevírají se tím netradiční průzory do života středověkého, novodobého i moderního města a vývoje jeho areálu. Zpracovávání jednotlivých svazků atlasu také podporuje rozvoj regionálního historického a vlastivědného bádání. Zároveň propojuje základní výzkum s aplikovaným. Pro studium vývoje procesu urbanizace v českých zemích a dějin městských obcí je tvorba Historického atlasu měst České republiky nesporným přínosem. Umožňuje aplikaci komparativních přístupů v rozsahu domácích i evropských regionů v řádu velikostních i hodnotových úrovní a jejich rozmanitosti, a to nejen převážně z pohledu historické demografie, jako tomu bylo dosud, ale také v souvislostech s proměnami a vzájemnými interakcemi městské obce a krajiny. Svým rozsahem umožňuje projekt již nyní komparativní výzkum urbanizačního procesu v Česku, střední Evropě a spolu s dalšími historickými atlasy evropských zemí také ve vybraných částech evropského kontinentu od středověku do současnosti. Jde o soubor městských obcí rozdílné velikosti, způsobů založení i topografie s bohatou historií a pestrými osudy jejich obyvatel. Zvláštní pozornost je věnována pražské městské aglomeraci a městům, které jsou zařazeny do seznamu památek UNECSO. Detailní pramenná rešerše, která přípravě každého svazku Historického atlasu měst České republiky předchází, umožňuje korigovat některé tradiční omyly a současně známé skutečnosti interpretovat v nových kontextech – jako jedno z aktuálních badatelských témat se nabízí symbióza, konkurence a konflikty mezi městy (městskými obcemi) a kláštery, k dalším tématům náleží problematika vztahů měst a šlechty (poslední výzkumy na vytipovaných lokalitách ukazují, že šlechtická domovní držba představovala ve většině měst nezanedbatelný podíl, z čehož vyplývá řada dalších rovin kontaktů v každodenním životě); u nás i v zahraničí v posledních letech intenzivně studovaná problematika vizualizace a reprezentace prostřednictvím architektury a jejích výrazových prostředků naznačuje, že podobné spektrum otázek si lze klást i v případě našich měst a reprezentativní budovy – ať financované městskými obcemi či ambiciózními jednotlivci – tak interpretačně obohacovat o nové kontexty. Řešitelé grantu průběžně hledají další nestandardní pohledy a nové inspirace ve výzkumu krajiny města v modelových případech. V oblasti aplikovaného výzkumu lze systematicky využívat svazky atlasu v památkové péči, k aktivní ochraně, rekultivaci a tvorbě krajiny a k jejímu udržitelnému rozvoji (zejména krajinné plánování, ochrana historické krajiny, tvorba urbanizovaného prostoru v krajině, obnova historických komunikací a zeleně, tvorba krajiny pro sanace po těžbě aj.). Představitelé samospráv vítají Historický atlas měst České republiky nejen jako vhodnou a hodnotnou prezentaci svého města, ale také jako podklad pro tvorbu územních plánů a další praktické otázky městského urbanismu a architektury. Na základě vědomí o atlasových svazcích v širší veřejnosti poskytuje pracovní tým řadu konzultací k dějinám měst a městské krajiny a poskytuje k využití prameny z Mapové sbírky Historického ústavu AV ČR, v. v. i.